The Vampire Diaries

The Vampire Diaries merupakan salah satu serial series di TV yang di tanyangkan di CW Network. Sampai saat ini the vampire diaries sudah memasuki season ke 4. Fokus cerita ini adalah cinta segitiga antara Elena Gilbert dengan dua orang vampire bersaudara Damon Salvatore dan Stefan Salvatore. Berlatar belakang sebuah kota bernama Mystic Falls, Virginia, yang beberapa penduduknya merupakan orang-orang yang memiliki kekuatan supernatural seperti Vampire, Penyihir, Manusia Serigala dan Hybrid (campuran antara Vampire dan Manusia Serigala). Series ini pertama kali tayang pada tahun 2009. Season 4 masih dalam proses penayangan. Direncanakan season 4 akan berakhir di episode 23.

Pada setiap seasonnya, para pemain utama memiliki musuh yang berbeda-beda. Seperti pada season 1, Elena, Damon dan Stefan harus mencari cara untuk bertahan dari serangan Katherine yang mengincar nyawa Elena karena Elena merupakan kembaran dari Katherine. Caroline yang merupakan sahabat dari Elena berubah menjadi vampire akibat Damon. Lalu pada season 2, kemunculan the original vampire yang bernama Klaus dan Elijah lagi-lagi membuat Elena, Damon dan Stefan harus bertahan.

Pada  season 3, keluarga the original vampire kembali berkumpul. Klaus, Kol, Rebbeka, Elijah dan Finn. Mereka harus bertahan dari kejaran sang ayah yang ingin membunuh Klaus yang merupakan the original hybrid.  Terakhir pada season 4, Elena berubah menjadi Vampire karena tewas dalam kecelakaan mobil. Ia harus bertahan menahan keinginannya untuk meminum darah manusia dan adiknya, Jeremy berubah menjadi pemburu vampire tapi harus meninggal tragis dibunuh oleh Katherine. Sejak kematian adiknya inilah, sikap Elena berubah dan tidak ada rasa kemanusiaan lagi.

Pemain The Vampire Diaries:

·         Nina Dobrev as Elena Gilbert / Katherine Pierce 

·         Paul Wesley as Stefan Salvatore 

·         Ian Somerhalder as Damon Salvatore

·         Steven R. McQueen as Jeremy Gilbert 

·         Kat Graham as Bonnie Bennett

·         Zach Roerig as Matt Donovan

·         Candice Accola as Caroline Forbes 

·         Michael Trevino as Tyler Lockwood

·         Joseph Morgan as Klaus Mikaelson

·         Claire Holt as Rebekah Mikaelson 

·         Grace Phipps as April Young

·         Phoebe Tonkin as Hayley

·         David Alpay as Professor Atticus Shane

·         Nathaniel Buzolic as Kol Mikaelson

·         Daniel Gillies as Elijah Mikaelson

·         Marguerite MacIntyre as Liz Forbes

·         Susan Walters as Carol Lockwood

·         Persia White as Abby Bennett

Komputasi Modern

Artikel Perkembangan Komputasi Modern

Hampir sebagian besar orang mengetahui apa itu komputer, lain hal nya dengan komputasi. Komputasi sendiri merupakan suatu cara yang dapat digunakan untuk menemukan sebuah solusi dari data yang telah kita input dengan menggunakan algoritma. Dan ilmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (atau dalam hal ini sains). Dalam penggunaan praktisnya, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.

Sebelum kita masuk pada alat komputasi yang ada pada saat ini, ada lebih baiknya kita melihat contoh komputasi zaman dahulu. Hal ini dapat membantu kita untuk melihat perkembangan komputasi dari generasi ke generasi. Sebagai contoh, dahulu alat komputasi paling kuno adalah kertas, potlot dan karet penghapus. dari ketiga benda tersebut, orang melakukan proses-proses komputasi yang mudah hingga yang rumit dengan tiga benda sederhana ini. Akan tetapi, dengan munculnya alat-alat komputasi yang tersusun dari komponen-komponen elektro; seperti kalkulator dan mesin hitung lainnya, hal-hal komputasi yang rumit akan menjadi lebih sederhana dan memudahkan kita dalam mengerjakan suatu proses perhitungan.

Pada kesempatan ini saya ingin berbagi sedikit informasi tentang satu mesin komputasi yang sangat populer pada era ini, yaitu komputer.

Komputasi Modern

Komputasi modern mungkin merupakan kalimat yang jarang terdengar di telinga masyarakat Indonesia pada umumnya. Komputasi modern pengertian nya adalah cara untuk menemukan pemecahan masalah/solusi dari data input dengan menggunakan suatu algoritma tertentu. Komputasi merupakan suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika.

Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Sebenarnya sudah lama komputasi modern ini di cetuskan dan tokoh di balik semua ini yaitu John Von Neumann, Beliau merupakan ilmuan besar saat ini. Beliaulah yang pertama kali menggagaskan konsep sebuah sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory dan dikenal sebagai arsitektur komputer modern.

Komputasi modern digunakan untuk memecahkan suatu masalah yang ada, perhitungan komputasi modern yaitu seperti :

·         Akurasi (bit, floating point)

·         Kecepatan (dalam satuan Hertz - Hz.)

·         Problem volume besar (paralel)

·         Modeling (NN dan GA), dan

·         Kompleksitas (menggunakan Teori Bog O)

Seiring dengan terus berkembangnya komputasi, tentunya akan berpengaruh terhadap penggunaan hardware dan software yang digunakan untuk komputasi tersebut. Sehingga hal ini membuat adanya sebuah evolusi mesin yang digunakan untuk pemrosesan tersebut. Hal - hal yang berdampak akibat berkembangnya komputasi ini akan dijelaskan pada artikel selanjutnya.

Sejarah Komputasi modern

Komputasi dapat diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan permasalahan dari data input dengan suatu algoritma. Komputasi merupakan subbagian dari matematika.

Secara umum iIlmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.

Dalam ilmu alam, pendekatan ilmu komputasi dapat memberikan berbagai pemahaman baru, melalui penerapan model-model matematika dalam program komputer berdasarkan landasan teori yang telah berkembang, untuk menyelesaikan masalah-masalah nyata dalam ilmu tersebut.

Komputasi modern adalah sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena itu kebanyakan dari kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern.

Awal mula tercetusnya komputasi modern adalah dari pemikiran seorang yang bernama John Von Neumann (1903-1957). Ilmuwan yang lahir dengan nama Neumann Janos meletakan dasar-dasar komputasi modern. Sebagai konsultan pada pengembangan ENIAC, dia merancang konsep arsitektur komputer yang masih dipakai sampai sekarang. Arsitektur Von Nuemann adalah komputer dengan program yang tersimpan (program dan data disimpan pada memori) dengan pengendali pusat, I/O, dan memori

Komputasi sebetulnya bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Mungkin Selama bertahun-tahun yang lalu, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer. Itulah yang berkembang dari bidang komputasi modern. Penggunaan komputer sebagai media utama dalam komputasi sudah semakin meluas. Pada intinya, perkembangan komputasi modern/komputasi saat ini lebih menerapkan pada proses pemecahan suatu masalah perhitungan dengan menggunakan algortima yang dilakukan pada sebuah komputer.
Komputasi modern digunakan untuk memecahkan masalah yang ada, contoh perhitungan komputasi modern yaitu seperti: Akurasi (bit, floating point), Kecepatan (dalam satuanHz), Problem volume besar (paralel), Modeling (NN dan GA), Kompleksitas (menggunakan Teori Bog O).

Secara pribadi, penerapan komputasi modern saat ini hanya terbatas pada pemecahan masalah algoritma. Bagaimana mencari sebuah kompleksitas, membandingkan kompleksitas untuk beberapa bahasa pemrograman, dst. Kesimpulannya, komputasi modern memiliki banyak sekali manfaat dan perkembangannya pun cukup cepat dalam segala bidang.

Macam-macam Komputasi Modern

Karakteristik komputasi modern ada 3 macam, yaitu :

1.      Komputer-komputer penyedia sumber daya bersifat heterogenous karena terdiri dari berbagai jenis perangkat keras, sistem operasi, serta aplikasi yang terpasang.

2.      Komputer-komputer terhubung ke jaringan yang luas dengan kapasitas bandwidth yang beragam.

3.      Komputer maupun jaringan tidak terdedikasi, bisa hidup atau mati sewaktu-waktu tanpa jadwal yang jelas.

Berikut merupakan contoh dari jenis-jenis komputasi modern:

1. Mobile Computing atau Komputasi Bergerak. Mobile computing (komputasi bergerak) merupakan kemajuan teknologi komputer sehingga dapat berkomunikasi menggunakan jaringan tanpa menggunakan kabel serta mudah dibawa atau berpindah tempat, tetapi berbeda dengan komputasi nirkabel.

2. Grid Computing. Komputasi grid memanfaatkan kekuatan pengolahan idle berbagai unit komputer, dan menggunakan kekuatan proses untuk menghitung satu pekerjaan. 

3. Cloud Computing atau Komputasi Awan. Cloud computing adalah perluasan dari konsep pemrograman berorientasi objek abstraksi. Abstraksi, sebagaimana dijelaskan sebelumnya, menghapus rincian kerja yang kompleks dari visibilitas. Komputasi awan adalah sebuah paradigm baru dari konsep yang sebenarnya sudah ada. Beberapa aplikasi yang sangat akrab dari cloud computing adalah icloud (produk dari Apple) dimana user menyimpan data-data phonebook mereka di server Apple, bukan lagi di handphone mereka.

Komentar:

Setiap hari, perkembangan teknologi semakin maju. Tak dapat dipungkiri jaman sekarang ini, banyak kehidupan manusia yang bergantung sama perkembangan teknologi khususnya computer. Pada artikel diatas, perkembangan teknologi hanya dibahas secara singkat tanpa memberikan penjelasan lebih lanjut. Kelebihan dari artikel tersebut adalah memberikan sejarah singkat tentang perkembangan teknologi mulai dari siapa orang yang pertama kali mencetuskan tentang komputasi modern.

Sumber:

http://rezabudiryanzah.blogspot.com/2012/03/komputasi-modern-sejarahnya-dan-macam.html

http://lautansemesta.blogdetik.com/donwload/perkembangan-komputasi-modern/

Launching 1st Album BLINK

Pada tanggal 9 Maret 2012 yang lalu, akhirnya BLINK mengeluarkan album pertama mereka setelah sebelumnya hanya mengeluarkan beberapa lagu yang dipakai di sinetron pertama mereka ‘Putih Abu-Abu season 1 dan Putih Abu-Abu season 2’.

Blink merupakan salah satu girlband yang ada di Indonesia. Blink telah berdiri sejak 23 Juli 2011. Di tahun pertamanya, Blink yang awal personilnya beranggotakan Alyssa Saufika Umari (Ify), Sivia Azizah (Via), Agatha Pricilla (Pricilla), Febby Rastanty (Febby) dan Ashilla Zahrantiara (Shilla) harus rela kehilanggan anggota mereka yang kelima, Shilla, yang memilih untuk bersolo karir.

Pada album pertama mereka hanya terdapat 10 lagu pilihan yang beberapa lagu di dalamnya mengalami sedikit perubahan dari segi aransemen lagu. Dari kesepuluh lagu yang terdapat di album perdana mereka ini, 8 lagu sudah diputar ketika sinetron ‘Putih Abu Abu season 1’ tayang. Lalu lagu‘Love You Kamu’ yang menjadi soundtrack ‘Putih Abu Abu season 2’ juga dimasukan kedalam album ini. Berikut daftar 10 lagu yang terdapat di dalam album perdana Blink:

1.     OMG. Ciptaan Meltho Pasto.

2.    Andaikan. Cipt Ify Alyssa "Blink".

3.    Blinkin'. Cipt Ify Alyssa "Blink".

4.    Gak Tahan Lagi. Cipt Tendy Yanuar.

5.    Gila. Cipt. Meltho Pasto.

6.    Hellow Mellow. Cipt Bunny, Ivan, Decil.

7.    Pacar Pertama. Cipt Rian Potenzio, Harry Budiman.

8.    Jatuh Cinta Lagi. Cipt Andi Beage.

9.    Love You Kamu. Cipt Bunny, Hendry, Decil.

10. Blinkstar. Cipt Meltho Pasto.

Pada launching album perdana mereka tersebut yang diadakan di Atrium Hall, Mall Artha Gading, Jakarta Utara, pihak Blink Management mengundang sekitar 200 Blinkstar (sebutan untuk fans Blink) dan beberapa rekan wartawan infotaiment. Acara tersebut berlangsung dari pukul 2-5 sore. Dalam acara launching album pertama mereka tersebut, Blink terlihat antusias karena akhirnya setelah menunggu sekitar satu tahun, album mereka bisa dinikmati oleh masyarakat luas.

Mereka membawakan 6 lagu yang sudah biasa di dengar oleh para fansnya dan satu lagu baru mereka yang berjudul ‘Blinkstar’ yang diciptakan oleh Meltho Pasto. Lagu baru mereka ini, didedikasikan untuk para Blinkstar yang selalu setia mendukung karir mereka di bidang entertainment.

Ditulis oleh:

Gina Devita Syabrina

53409423

4IA07

Bidang-bidang yang terkait dengan Bio Informatika

Dibawah ini merupakan beberapa bidang yang terkait dengan BioInfrmatika.

1.     Biophysics

Biologi molekul sendiri merupakan pengembangan yang lahir dari biophysics. Biophysics adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengaplikasikan teknik-teknik dari  ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical Society). Sesuai dengan definisi di atas, bidang ini merupakan suatu bidang yang luas. Namun secara langsung disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan  penggunaan TI.

2.    Computational Biology

Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Tak dapat dielakkan bahwa Biologi Molekul cukup penting dalam computational biology, namun itu bukanlah inti dari disiplin ilmu ini. Pada penerapan computational biology, model-model statistika untuk fenomena biologi lebih disukai dipakai dibandingkan dengan model sebenarnya. Dalam beberapa hal cara tersebut cukup baik mengingat pada kasus tertentu eksperimen langsung pada fenomena biologi cukup sulit.  Tidak semua dari computational biology merupakan Bioinformatika, seperti contohnya Model Matematika bukan merupakan Bioinformatika, bahkan meskipun dikaitkan dengan masalah biologi.

3.    Medical Informatics

Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics adalah "sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis”.

 Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih "rumit" --yaitu informasi dari sistem-sistem superselular, tepat pada level populasi—di mana sebagian besar dari Bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan selular.

4.    Cheminformatics

Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute's Sixth Annual Cheminformatics conference). Pengertian disiplin ilmu yang disebutkan di atas lebih merupakan identifikasi dari salah satu aktivitas yang paling populer dibandingkan dengan berbagai bidang studi yang mungkin ada di bawah bidang ini.

5.    Genomics

Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di dalam genom yang representative

6.    Mathematical Biology

Mathematical biology lebih mudah dibedakan dengan Bioinformatika daripada computational biology dengan Bioinformatika. Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam softwaremaupun hardware. Bahkan metode yang dipakai tidak perlu "menyelesaikan" masalah apapun; dalam mathematical biology bisa dianggap beralasan untuk mempublikasikan sebuah hasil yang hanya menyatakan bahwa suatu masalah biologi berada pada kelas umum tertentu.

7.    Pharmacogenetics

Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan. Secara menakjubkan pendekatan tersebut telah digunakan untuk "menghidupkan kembali" obat-obatan yang sebelumnya dianggap tidak efektif, namun ternyata diketahui manjur pada sekelompok pasien tertentu. Disiplin ilmu ini juga dapat digunakan untuk mengoptimalkan dosis kemoterapi pada pasien-pasien tertentu.

8.    Pharmacogenomics

Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker).

Komentar:

Menurut saya, BioInformatika sangat berhubungan dengan berbagai aspek kehidupan terutama dari bidang Biologi dan kedokteran seperti contoh-contoh diatas. Berbagai bidang itu dapat membuat sesuatu yang baru atau juga membantu memecahkan suatu masalah yang belum dapat terselesaikan. Bahkan dari salah satu cabang Bio Informatika, dapat memeriksa karakteristik pola yang ditemukan dalam tumor ataupun kanker yang tidak bisa dilihat tanpa bantuan alat. Bahkan rekayasa genetika pun dapat dibuat dengan menggunakan BioInformatika ini, sehingga dapat menemukan sesuatu yang baru.

Source: http://kambing.ui.ac.id/bebas/v06/Kuliah/SistemOperasi/2003/50/Bioinformatika.pdf

Ditulis oleh:

Gina Devita Syabrina

53409423

4IA07

Komputasi Modern Pada Website Perusahaan JNE (Express Across Nations)

Dewasa ini, sudah berkembang bidang usaha jasa pengiriman barang. Berbagai macam perusahaan swasta sudah menerapkan jasa pengiriman barang yang efisien, mudah dan terjangkau. Salah satu perusahaan yang bergerak di bidang jasa shipping atau jasa pengiriman barang di Indonesia adalah JNE. JNE sebenarnya adalah anak dari perusahaan TIKI (Titipan Kilat), hanya saja JNE dikhususkan menangani pengiriman barang di Indonesia saja, dimana jika TIKI dapat menangani pengiriman barang sampai ke luar negeri. Website perusahaan JNE sudah menggunakan teknik komputasi modern. Website-nya cukup mudah untuk digunakan oleh segala kalangan dan tidak membingungkan. Informasi tentang status pengiriman barang maupun tarifnya dapat diperoleh hanya dengan membuka website ini. Website dapat dikunjungi di www.jne.co.id.

Pada saat pertama kali membuka website, yang akan ditampilkan pertama kali adalah tampilan seperti gambar di atas. Ada dua form yang dapat kita isi. Yang pertama untuk melihat status pengiriman barang, dan yang satu lagi untuk melihat tarif pengiriman.

Contoh pertama adalah untuk mengetahui informasi tariff pengiriman barang. Dapat dilihat pada gambar di atas. Pada form di bagian kanan, terdapat form untuk mengecek tariff dari kota asal ke kota tujuan dan bobot pengiriman. Setelah semua field form sudah diisi, klik submit.

Setelah meng-klik submit, halaman selanjutnya yang akan muncul adalah halaman seperti pada gambar di atas. Gambar di atas menunjukkan informasi tariff dari kota asal ke kota tujuan dan dengan bobot yang sudah dimasukkan tersebut. Terdapat informasi tariff dengan paket yang berbeda-beda. JNE menawarkan beberapa paket pengiriman yang memiliki kelebihannya masing-masing. Paket REG (REGULER) adalah paket standar yang pengirimannya dalam jangka waktu 2-3 hari, tergantung jarak antara kedua kota pengirim dan penerima, YES adalah paket cepat yang biasanya bias sampai dalam estimasi waktu 1-2 hari tergantung juga pada jarak tujuannya, paket OKE dengan penawaran harga termurah, estimasi waktu 3-5 hari, dan SPS yaitu paket termahal dan tercepat yang dapat di tawarkan oleh JNE. Bobot sangat mempengaruhi tariff pengiriman. Bila bobot lebih atau sama dengan 1 kg, maka harga otomatis akan bertambah.

Fasilitas selanjutnya yang ditawarkan oleh website ini adalah mengecek status pengiriman. Masukkan nomor resi yang Anda terima dari pengirim ke dalam form field Trace & Tracking seperti di atas. Bila sudah memasukkan dengan benar, klik search.

 Status pengiriman akan dapat segera muncul pada tampilan seperti gambar di atas. Dengan informasi keterangan tujuan, nama penerima, waktu penerima, dan status pengiriman.

Komentar:

Menurut saya, website pengiriman barang JNE sudah sangat baik, lengkap dan handal. Hanya dengan mengakses website ini, pengirim barang dapat dengan mudah mengirimkan barangnya. Website-nya juga tidak sulit untuk dimengerti. Alur jelas dan tidak ribet. Dengan memasukan kota asal, kota tujuan dan jumlah berat paket barang yang akan dikirim, maka akan tampil jenis paket dan berapa harga yang harus dibayarkan. Kelemahan website ini, belum semua kota tercantum dalam database yang telah ada. Perkiraan waktu pengiriman juga tidak ada sehingga pelanggan tidak tahu berapa lama paket yang ia kirim akan sampai. 

Souce: http://www.jne.co.id/index.php?lang=IN

Ditulis oleh:
Gina Devita Syabrina
53409423
4IA07

Artikel BioInformatika

PeakTrace; Meningkatkan Kualitas Electropherogram

Perbedaan hasil basecaller antara ABI KB dan PeakTrace (image from nucleics.com)

Dalam tulisan terdahulu yang berjudul Troubleshooting Guide. ‘Keanehan-keanehan’ pada Electropherogram, kita bisa tahu bahwa tidak selamanya hasil pembacaan alat DNA sequencer kualitasnya baik. Nah, jika kebetulan electropherogram sampel kita jelek, jangan dulu frustasi, mungkin masih ada jalan keluar untuk meningkatkan kualitas electropherogram sehingga dapat terbaca dengan baik. Memang tidak semua electropherogram yang jelek bisa diselamatkan, jika kualitasnya sangat parah tentu jangan berharap bisa ‘disulap’ menjadi bagus. Tapi jika kualitas awalnya cukup bagus, bolehlah berharap kekurangannya dapat diperbaiki.

Software Basecaller

Kualitas electropherogram dapat ditingkatkan dengan menggunakan perangkat lunak (software)basecaller, software ini berfungsi untuk menterjemahkan data mentah (raw data) pembacaan laser pada mesin sequencer menjadi peak-peak electropherogram yang dapat dibaca komputer dan manusia (trace file). Selama ini pun setiap komputer mesin sequencer pasti memiliki software basecaller ini, namun kemampuan mereka masih ‘standar’ dan masih ada celah untuk ditingkatkan lagi. Beberapa software basecaller yang sangat terkenal yaitu Phred, TraceTuner, KB Basecaller dan PeakTrace. Semuanya dapat memproses data electropherogram yang dihasilkan oleh mesin sequencer bermerk ABI (Applied Biosystems, USA) berbagai tipe.

Pemrosesan Trace File vs Raw Data

Bagaimana software-software basecaller itu bekerja? Mari kita selidiki:

§  Phred dan TraceTuner bekerja dengan melakukan re-basecalling data peak yang sudah diproses dalam trace file (bukan raw data), sehingga akurasi basecalling mereka sangat bergantung pada kualitas peak yang dihasilkan oleh ABI data collection software.

§  KB Basecaller adalah software basecaller yang terintegrasi pada beberapa “Data Collection Software” bawaan mesin sequencing ABI generasi baru seperti seri 3100 dan 330/xl. Raw data diproses oleh KB Basecaller hingga menghasilkan trace file lengkap dengan Quality Value (QV) dari peak-peaknya.

§  PeakTrace —seperti halnya KB Basecaller— bekerja dengan memproses kembali langsung dari raw datanya, namun dengan kelebihan yaitu mampu membaca raw data mesin generasi lama seperti ABI seri 3700 dan 377, yang sudah tidak didukung lagi oleh KB Basecaller. Dengan prinsip kerja seperti ini, PeakTrace bisa memberikan basecall yang lebih baik secara signifikan denganerror lebih sedikit dan pembacaan yang lebih panjang.

Dari keempat software di atas, kita akan membahas PeakTrace saja, selain tersedianya versi gratis, software ini pun diklaim memberikan output yang lebih baik.

PeakTrace

Peak trace dapat diakses langsung dari websitenya (www.nucleics.com) secara free alias gratis, tapi dibatasi maksimum 10 file yang dapat di-trace per hari. Jika jumlah file Anda sangat banyak dan rutin, Anda bisa menggunakan versi berbayar. PeakTrace dapat menangani electropherogram dari berbagai jenis mesin ABI baik keluaran baru atau lama, dan mesin sequencer MegaBACE.

Langsung Praktek

Untuk men-trace electropherogram menggunakan layanan PeakTrace gratis online, ikutilah langkah-langkah berikut, sangat simple:

§  Buka halaman PeakTrace service online.

§  Klik tombol ‘Choose…‘ untuk mencari file electropherogram yang akan Anda trace (format *.ab1 atau *.abi). Anda dapat mengunggah (upload) 1 atau 2 file sekaligus.

§  Tekan tombol ‘Upload Traces‘.

§  Tunggulah sekitar 5-20 detik (waktu tunggu bergantung pada jumlah dan jenis trace dan juga load server saat itu).

§  Klik link ‘Go to the PeakTrace basecalling results page now’.

§  Hasil trace siap untuk diunduh (download) dengan mengklik link file output (sama dengan nama file yang anda submit).

Berikut ini adalah contoh tracing yang berhasil menggunakan PeakTrace. Nilai Q20+ meningkat sebesar 169 poin (32.50%). Bandingkan antara peak-peak sebelum (atas) dan setelah di-PeakTrace (bawah), terasa sangat membantu bukan?

Selalu berhasilkah?

Seperti telah disinggung di awal tulisan, tidak semua electropherogram dapat ditingkatkan kualitasnya menggunakan PeakTrace maupun software basecaller lainnya. Faktor utama yang membuat peak tidak dapat diperbaiki adalah:

§  Panjang pembacaan. Untuk sampel DNA yang pendek, dimana pembacaan oleh KB Basecaller sudah sempurna maka kualitasnya tidak dapat ditingkatkan lagi oleh PeakTrace. Jadi kalau electropherogram Anda sudah bagus tidak perlulah ditrace lagi, hanya membuang waktu dan energi. Kemampuan PeakTrace akan lebih terasa pada sampel DNA yang cukup panjang dimana biasanya resolusi peak electropherogram pada bagian belakang (mendekati ujung 3′) sudah berkurang.

§  Kekuatan signal raw data. Jika signal sangat lemah (mendekati level signal noise) maka PeakTrace tidak akan mampu berbuat apa-apa lagi. Kekuatan signal sangat penting terutama pada bagian ujung 3′. Ingat bahwa tugas PeakTrace adalah meningkatkan kualitas peak yang sudah cukup bagus, bukan membuat peak yang jelek jadi bagus.

§  Kegagalan reaksi sequencing. Sudah pasti, PeakTrace dan software basecaller lainnya bukanlah pesulap yang dapat membuat suatu reaksi sequencing yang tidak terjadi menjadi seolah-olah berhasil. Signal yang bercampur akibat adanya dua template atau lebih. Kalau sudah begini, meskipun software basecaller mampu men-trace-nya, tetapi hasilnya tetap saja tidak berguna dan tidak memberikan hasil apa-apa.

Komentar:

Pada artikel tersebut, dibahas tentang pembacaan hasil tes DNA yang telah ditambahkan oleh software baru sehingga dapat memberikan hasil yang lebih baik. Software yang dibahas bernama “PeakTrace” yang berguna untuk meningkatkan kualitas Electropherogram yaitu alat untuk membaca trace DNA. Dengan bantuan bioinformatika yang dalam hal ini adalah membuat suatu software untuk meningkatkan hasil kualitas dari suatu tes DNA akan sangat membantu dalam pembacaan hasil tes DNA yang hanya berupa trace (grafik). Selain itu software ini juga diberikan secara gratis sehingga mengurangi anggaran biaya untuk membeli alat yang lain. Menurut saya, kemajuan teknologi di bidang biologi sangat penting. Kemajuan teknologi baik dari sisi hardware ataupun software yang dihasilkan dapat mengurangi anggaran dan mengefisiensi tenaga manusia yang dibutuhkan. Kemajuan teknologi yang pesat ini akan sangat membantu dalam kemajuan di segala bidang dan aspek kehidupan manusia.  

source: http://sciencebiotech.net/peaktrace-meningkatkan-kualitas-electropherogram/

Ditulis oleh:

Gina Devita Syabrina

53409423

4IA07